மருத்துவ மேற்படிப்பில் வேலூர் சிஎம்சியில் உள்ள மொத்த இடங்களில் அகில இந்திய ஒதுக்கீட்டுக்கு வழங்கப்படும் 50 சதவீத இடங்கள் போக எஞ்சிய 50 சதவீத இடங்களை கிறிஸ்தவ மதத்தைச் சேர்ந்த குறிப்பிட்ட ஒரு பிரிவினருக்கு மட்டுமே கல்லூரி நிர்வாகம் வழங்கி வருவதாக குற்றச்சாட்டு எழுந்தது.
இதையடுத்து, அகில இந்திய ஒதுக்கீடு போக எஞ்சிய 50 சதவீத இடங்களை மாநில ஒதுக்கீட்டின்கீழ் தமிழக அரசும், கல்லூரி நிர்வாகமும் சரிபாதியாக பிரித்துக்கொண்டு நீட் தேர்வு மெரிட் லிஸ்ட் மற்றும் மாநில சிறுபான்மையினர் பட்டியல்படி அனைவருக்கும் பங்கிட வேண்டும், என கல்லூரி நிர்வாகத்துக்கு தமிழக அரசு உத்தரவிட்டது.
இதை எதிர்த்து சிஎம்சி கல்லூரி நிர்வாகம் தரப்பில் உச்ச நீதிமன்றத்தில் வழக்கு தொடரப்பட்டது. வழக்கை விசாரித்த உச்ச நீதிமன்ற நீதிபதிகள் பி.ஆர்.கவாய், பி.எஸ்.நரசிம்மா அமர்வு பிறப்பித்துள்ள உத்தரவில், ‘‘இந்தவிவகாரத்தில் தமிழக அரசும், சிஎம்சி கல்லூரி நிர்வாகமும் 50:50 என்ற வீதத்தில், எஞ்சியஇடங்களை சரிபாதியாக பிரித்துக்கொண்டு, முதுநிலை மற்றும் இளநிலை மாணவர் சேர்க்கையை நடத்த வேண்டும். இதுதொடர்பாக இருதரப்பும் மேற்கொண்டுள்ள ஒப்பந்தம் சரியானதுதான்’’ என்று உத்தரவிட்டுள்ளனர்.